可汗学院这种全新的教学模式一定也有许多方面会受到人们的质疑。
        
         迈阿密大学教育学教授沃尔特·斯卡达认为，可汗的教学方式存在“过度简化”的缺陷，“他总是利用特定例子来解释概念，如果人们遇到其他例子时，可能会糊涂……这表面上看是个小问题，却可能为以后的学习埋下隐患。”

IT界有人士提出，它毕竟只是归萨尔曼•可汗个人所有，而不是一个开放的公共平台，这就局限了它的规模。还有教育界人士指出，学生在学校里绝不仅仅是跟老师学习数学知识那么简单，还有培养健全的人格，这是程序和软件无法教会你的，更何况目前可汗学院仅仅能教授有精准答案的数理学科，对于历史、哲学这类有着人文底蕴的学科并不适用。

        有人士怀疑Khan在提到“全球化的教育”时所说的“加尔各答不能上学的孩童也可以通过视频进行学习”的可行性。至少在中国，许多贫困地区的家庭是没有电脑与网络的覆盖的，能够接受传统教育对他们来说已是不易，更不用说是这种新型的教育模式，而亚洲、非洲的广大贫困地区相信也是同样的情况。优势与先进的教育资源仍然掌握在相对富裕教育资源阶层的手中，这会不会加剧教育资源与教育成果的两极分化？此外，Khan学院的课程主要仍是集中在基础教育与理科教育方面，这也将大大限制其传播范围。

         但不管怎样，可汗凭借一己之力，借助互联网这个平台，将“家庭教师”免费送给渴望知识的人，确实给了现代教育更多的启发。