在美国思想界的诸种论点之中，“文明冲突”论成为解读“9·11”事件根源的主要论点之一 。世界上的许多媒体指出恐怖主义的重要根源是美国的中东政策。以巴长期的军事冲突和以色列人对巴勒斯坦人的杀戮及美国对以色列的偏袒“制造”出具有必死决心的狂热激进分子。英国广播公司BBC、法国《世界报》都指出“问题症结在于美国的中东政策。”英国《卫报》以《最好的防御是公道》为题，指出美国人必须“公道”，“才能真正制止奥萨马在阿拉伯和穆斯林社会中得到的广泛支持。”

有观点认为袭击是一场政治阴谋。当中的主要疑点包括飞机撞毁一摩天大厦的可能性，五角大楼的缺口直径与飞机直径不符，联合航空93号班机的碎片以及劫机者的生死等疑点。阴谋论者认为该袭击目的是布什政府自导自演为维护美国的国际地位，达到霸权和平目的，以便控制世界。