事件发生后，美国股民开始恐慌性抛售股票，导致股市暴跌。一周内，道琼斯指数、纳斯达克指数和标普指数分别下降14.3%、16.1%和11.6%，估计股票缩水1.4万亿美元。尽管布什政府向股市内大量注入资金，9月17日重新开市后，恐慌性抛售仍然无法避免，各大股指不断下跌直至3年来的最低点。

由于纽约曼哈顿岛是跨国金融公司的云集之处，这些公司的业务都或多或少的受到影响，据初步估计，损失在100亿美元以上。办公室设在世贸大楼上的公司就更加倒霉，他们的业务几近瘫痪，大量数据丢失，其中著名的公司有美洲银行、朝日银行、德国银行、国际信托银行、肯珀保险公司、马什保险公司、帝国人寿保险公司、盖伊·卡彭特保险公司、坎特·菲兹杰拉德投资公司、摩根斯坦利金融公司、美国商品期货交易所。其中，摩根斯坦利损失最惨，因为它在世贸中心总共租用了29.8万平米的办公用地，公司很多职员连办公地点都没有。

在已知的世贸大楼4000多名失踪者中，绝大多数是金融公司的职员，而且不乏高级管理人员。其中，坎托·菲兹杰拉德投资公司1000名职工中就有650人遇难，马什保险公司也有300名职员失踪。

据纽约市审计官员估计，事件造成的建筑等财产直接损失达340亿美元，人员伤亡造成的损失110亿美元，灾区现场清理和抢救费为140亿美元。

美国政府集合了无数建筑精英，拿出了无数的设计方案，才于2006年开始动工。新世贸大厦由于工程缓慢、费用超标，完工日期被一次次拖延至2015年，整个项目的预计花费也增加到了180亿美元。

仅9·11事件发生后一周之内，美国最大的财产保险公司AIG就赔付5亿美元，第二大寿险公司MetLife赔付3亿美元，CNA金融保险集团赔付2.3亿美元。全球几家大型的再保险公司也损失惨重，Munich再保险、瑞士再保险、伦敦劳合保险、通用再保险等公司更是元气大伤。美国“股神”巴菲特曾表示，他旗下的再保险公司要花数年时间才能缓过来。国际知名咨信评估机构美国穆迪投资者服务公司（Moody）预测全球保险业此次的偿付总额在150亿至300亿美元之间。

对航空产业的经济影响

9·11事件中，美国航空公司和联合航空公司各自损失两架飞机，整个空运停顿了3天。恢复飞行以后，由于受到事件的惊吓，美国航空乘客人数短期内剧烈收缩，甚至出现了一班飞机只有一位乘客的情况。灾难发生后，美国航空业就向政府提出了50亿美元的现金救助和190亿美元其他方式援助的请求。