自然疫源性疾病是指在自然条件下长期存在、在野生动物间流行，并在一定条件下会感染人类的疾病。

  洪灾会引起自然环境的显著改变，房屋被洪水淹没，大量群众、牲畜往高处迁徙，造成人群密集，同时人们居住环境简陋，常常席地而睡，增加了人与鼠类的接触机会；洪水消退后，蚊虫孳生场地增加，造成蚊密度增加，加之人畜混杂，防蚊设施缺乏，增加了人被蚊虫叮咬的机会；洪水期间同时增加了人与疫水的接触机会；洪水期间还容易造成营养不良、精神压抑，使人体抵抗力低下；同时灾区的卫生防疫措施不同程度的受到影响。这些都易导致自然疫源性疾病的暴发和流行。
  自然疫源性疾病受自然因素的影响比较显著，由于洪灾期间自然环境的改变，包括温度、湿度、水位及媒介生物的栖息地变化影响了病原体、传染源、传播媒介和宿主的生长繁殖和生活习性；另一方面，自然灾害发生期间灾区群众居住条件恶劣、营养不良、精神心理压抑，使机体对疾病的抵抗力下降及灾区卫生防病措施被损害等均易导致自然疫源性疾病的流行和暴发。

  洪灾后需要重点预防的自然疫源性传染病有肾综合征出血热（流行性出血热）、钩端螺旋体病、流行性乙型脑炎、疟疾、血吸虫病、鼠疫、炭疽、布鲁氏菌病等。