协和医学院作为当时最好的医学院校，对学生的要求是相当严苛的，每门功课七十五分以上才算及格，有一门不及格留级，两门不及格即除名，没有补考和商量的余地。在林巧稚看来，只有更加刻苦的学习，才能最终实现自己的医生梦。此后，无论夜阑人静，还是黎明微曦，人们总是能看见林巧稚窗下苦读的身影。

1929年毕业时，一同入学时的25名同学只剩下16人，林巧稚的成绩始终在班里高居榜首，获得了协和的最高荣誉奖“文海奖学金”，她也是协和历史上第一个获得该奖项的女学生。

在协和医学院苦读的八年里，林巧稚不仅积累了扎实的专业知识，协和“慈悲、专注、自省、一切以病人为中心”的精神更是深深地烙印在她的心中。几年后，林巧稚面临毕业的选择。在当时的中国，重男轻女的传统思想相当严重，女性是男人的“附属品”的观念大行其道，而大街上丢弃、售卖女婴现象也不鲜见。

或许是为了那些苦难中的中国妇女，亦或许是为了纪念在病痛中死去的母亲，作为优秀毕业生的林巧稚并没有选择热门的外科、内科，而是选择了当时并不受人重视的妇产科，她要用自己的所学帮助更多的中国妇女改变生活。从此，协和多了一位“说话做事直截了当，工作能力不逊男人”的女大夫。

机会总是眷顾有准备的人。林巧稚从医生涯的命运转折也是在不经意间到来。

那是一个圣诞节前的平安夜，几位外国医生因为要参加聚会早早地离开了医院，留在病房的只有助理住院部医师林巧稚。夜晚病房的光线柔和，静谧安宁，病房里的大部分病人已经睡了，偶有刚做完手术的患者，发出轻声的低吟。忙碌了一天的林巧稚刚查完房回到值班室，打算小憩会儿。突然，她看见急诊的灯亮了，林巧稚迅速跑到急诊室。只见病床上躺着一个20多岁的女子，面色苍白，皮肤湿冷，已经处于半昏迷状态。通过家人的描述和初步地检查，林巧稚判断病人为宫外孕，需要马上手术，否则会有生命危险。没有片刻迟疑，她一边通知立刻准备手术，一边拨打电话给主治医生，可是电话里传来的却是阵阵忙音。林巧稚的心揪的一阵比一阵紧，终于电话通了，“喂……”电话里的声音很嘈杂，隐隐还有音乐声。听了林巧稚的报告，电话那头的主治医生迟疑了，他说“抱歉，抱歉，这里离医院很远。”林巧稚急得声音有些嘶哑，她又一次说到病人的危急。电话那头沉默了片刻说道：“外面雪很大，赶过去要很长时间，病人等不了的。请你负责吧，可以让病人转院……”

挂断电话，林巧稚看着病床上危在旦夕的病人，突然冷静下来了。“这样大的风雪夜，她还能去哪呢？我是医生，眼下能做的就是全力去抢救！”　林巧稚没有过多地考虑自己只是一位助理住院医生，没有做手术的权力，而是和多年前在上海的考场一样，又一次把自己的前途和命运抛在一边，毅然走向了手术台。

无影灯下，林巧稚站在手术台上，全神贯注，仿佛全世界都不存在了，眼睛里心里只有这位病人……清创、整理、缝合、包扎，一切都进行得有条不紊。血压回升，体温回升，脉搏逐渐恢复正常，生命体征又重新活跃起来。

林巧稚的成功并不是凭借幸运。在她拿起手术刀的那一时刻，手术刀是炙热的，连带着她生命的体温，带着她多年刻苦学习的医术和胸有成竹的自信，更凝聚着她对生命的理解和敬畏。

就这样仅仅半年时间，林巧稚就凭借自己出色的表现，从一名助理住院医生被破格聘为总住院医生，并被聘为协和医学院妇产科学系的助教，走完了常人需要5年才能走完的路。

在协和，林巧稚是第一位任总住院医生的女性，也是当时协和医院妇产科职位最高的中国医生，然而这代价是巨大的。在那个社会普遍不重视女性的时代，留在协和就意味着必须接受协和那不成文的规定“聘任期间凡因结婚、怀孕、生产者，作自动解除聘约论”。这种选择对于正值恋爱、婚嫁之龄的林巧稚是痛苦的，然而出于对医学事业的热爱，因为“爱病人胜过爱自己”的执着，林巧稚毅然选择了留下。