大约上午9点，消防局长接管担任事故总指挥。因为不断掉下的残骸和其他安全因素，他将灭火指挥部从世贸中心1号塔楼大厅转移到西街对面的一处场所，一条8车道的高速公路。指挥员考虑到了塔楼可能会发生有限的、局部的倒塌，但没有想到它们会完全倒塌。

灭火指挥部转移到西街后，仍有一些消防指挥员留在1号塔楼大厅内，组成了在建筑内进行灭火的战斗单位的灭火指挥部，他们留在大厅内是十分必要的，这样他们就可以利用一些重要的建筑系统，例如警报控制系统、电梯和通信系统。

几分钟内，消防指挥员就决定集中力量进行营救和撤离。他们派遣消防队员进入楼内帮助数百名被困在电梯、楼梯间和房间内，以及因受伤而无法撤离的人员。他们还命令消防队员确定各层人员全部撤离。

与此同时，紧急医疗服务组织指挥官也开始划定区域，集结救护车，对伤员进行鉴别归类、治疗并送往医院。紧急医疗服务现场指挥员助理在灭火指挥部中担任全部紧急医疗服务的指挥，向灭火指挥部报告情况。

上午9点03分，第二架飞机撞击2号塔楼，指挥员们立即调集另外的消防分队，并从1号塔楼调派消防分队。

随着动员升级，调度员命令所有回应的消防分队到世贸中心附近上级指挥员指定的集结地点报到。然而，当这些消防分队接近指定区域时，许多分队并没有到指定区域报到，而是直接进入两座塔楼大厅或事故区域的其他地点。结果，上级指挥员不能准确掌握所有消防分队的具体位置。另外，集结失败导致消防分队在进入塔楼大厅之前，不能得到必要的信息和准确方位  。

世贸中心1号塔楼大厅内的指挥员们和他们派入楼内的分队之间的通信联络是零星的。指挥员们有时可以联络到一些分队，有时不能。一些分队也确认有时可以收到无线通信，有时不能。指挥员们不知道他们的讯息是否传送出去，那些分队是否因为忙于救助行动而没有确认收到信息，或者分队回复了，讯息却没有能够传送过来。因为关于处在危险中的市民的报告不断传到大厅中的救援指挥部，所以指挥员们决定继续尝试疏散和拯救市民，尽管存在通信困难。

世贸中心1号、2号大厅中的指挥员们也不知道塔楼外面发生了什么。他们没有可靠的消息来源，也没有关于事故区域全面形势的外部信息、塔楼的情形和火灾的发展情况。例如，他们无法收到电视报道和来自盘旋在塔楼上空的纽约警察局直升飞机的报告。信息的缺乏限制了他们对全面形势的估计能力。

紧急医疗服务机构指挥员和救护车也因为无线通信堵塞而面临通信问题，发生这种现象部分原因是两个紧急医疗服务频道在同一频率上。通常指挥频道是指挥员专用的，城市覆盖频道是救护车和紧急医疗服务派遣使用的。大量救护车反复请求被派遣到世贸中心，使得通信堵塞问题加剧  。

无线通信困难是导致紧急医疗服务调度员在9月11日应接不暇的因素之一。除了要与救护车和指挥员联系外，调度员还要根据通过电话或计算机信息从911求救中心和纽约市警察局传来的求救请求而采取行动。他们必须派遣救护车，将行动录入计算机，从众多消息来源中监控信息和接听其他电话。大量的、复杂的关于世贸中心袭击的信息使得调度员们要从他们接到的众多消息来源中核实每件事并迅速采取适当的行动非常困难。

上午8时46分－10时29分：至少有20名（主要集中在北楼）被大火和浓烟围困在大楼顶楼的人员从高空跳下。