世贸中心2号塔楼倒塌发生在上午9时59分，导致许多市民和第一出动的消防人员死亡。然而，世贸中心1号塔楼中的消防队员和指挥员们最初并不知道正在发生什么事情。许多人以为1号塔楼正发生局部坍塌。当1号塔楼大厅充满碎石和残骸时，在1号大厅指挥部的第一大队指挥员迅速通过移动无线通信下达了撤退命令，但是很多消防队员并没有听到这道命令，一些人得以离开是因为其他战斗员告诉他们指挥部已经下达了撤退命令。

当消防和紧急医疗服务的指挥员在周围的建筑物中寻找避身处时，世贸中心2号塔楼的倒塌摧毁了西街对面的事故救援指挥部，削弱了指挥和控制机构。消防局长和其他指挥员在上午10时29分1号塔楼的倒塌中丧生，使事故救援临时处于无指挥状态。另外，倒塌发生后，许多紧急医疗服务人员不知道谁在代理紧急医疗服务指挥官。

上午11时，计划部门的一位高级官员，接替紧急医疗服务指挥官，但是在接下来的近半个小时里，整个事故救援指挥仍不十分清楚。在这段时间里，一些高级消防指挥官都主动重建指挥部，有时导致了多重指挥。上午11时28分，4C城市值班指挥员注6接替消防局长担任事故现场救援指挥官，全面恢复了现场指挥。